R & MCMCpack Test

C5. R

R & MCMCpack Test

anal 2013. 6. 13. 10:24

R version 3.0.1 (2013-05-16) -- "Good Sport"
Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

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또한, 'help.start()'의 입력을 통하여 HTML 브라우저에 의한 도움말을 사용하실수 있습니다
R의 종료를 원하시면 'q()'을 입력해주세요.

> 1+2
[1] 3
> ####
> A=matrix(0:5, 2, 3);A
     [,1] [,2] [,3]
[1,]    0    2    4
[2,]    1    3    5
> B=matrix(seq(0,10,2), 2, 3); B
     [,1] [,2] [,3]
[1,]    0    4    8
[2,]    2    6   10
> A+B
     [,1] [,2] [,3]
[1,]    0    6   12
[2,]    3    9   15
> A %*% t(B)
     [,1] [,2]
[1,]   40   52
[2,]   52   70
> utils:::menuInstallPkgs()
--- 현재 세션에서 사용할 CRAN 미러를 선택해 주세요 ---
also installing the dependency ‘coda’

trying URL 'http://cran.nexr.com/bin/windows/contrib/3.0/coda_0.16-1.zip'
Content type 'application/zip' length 196716 bytes (192 Kb)
opened URL
downloaded 192 Kb

trying URL 'http://cran.nexr.com/bin/windows/contrib/3.0/MCMCpack_1.3-3.zip'
Content type 'application/zip' length 2954019 bytes (2.8 Mb)
opened URL
downloaded 2.8 Mb

패키지 ‘coda’를 성공적으로 압축해제하였고 MD5 sums 이 확인되었습니다
패키지 ‘MCMCpack’를 성공적으로 압축해제하였고 MD5 sums 이 확인되었습니다

다운로드된 바이너리 패키지들은 다음의 위치에 있습니다
        C:\Users\IBM_ADMIN\AppData\Local\Temp\RtmpuacAK8\downloaded_packages
>
>
>
>
> x=seq(20,42,by=2)
> y=c(8.4, 9.5, 11.8, 10.4, 13.3, 14.8, 13.2, 14.7, 16.4, 16.5, 18.9, 18.5)
> plot(x,y)
> fit=lm(y ~ x)
> summary(fit)

Call:
lm(formula = y ~ x)

Residuals:
    Min      1Q Median      3Q     Max
-1.1834 -0.5432 -0.3233 0.8333 1.3900

Coefficients:
            Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) -0.28928    1.22079 -0.237    0.817
x            0.45664    0.03844 11.880 3.21e-07 ***
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Residual standard error: 0.9193 on 10 degrees of freedom
Multiple R-squared: 0.9338,    Adjusted R-squared: 0.9272
F-statistic: 141.1 on 1 and 10 DF, p-value: 3.211e-07

>
> library(MCMCpack)
필요한 패키지를 로딩중입니다: coda
필요한 패키지를 로딩중입니다: lattice
필요한 패키지를 로딩중입니다: MASS
##
## Markov Chain Monte Carlo Package (MCMCpack)
## Copyright (C) 2003-2013 Andrew D. Martin, Kevin M. Quinn, and Jong Hee Park
##
## Support provided by the U.S. National Science Foundation
## (Grants SES-0350646 and SES-0350613)
##
> paint.data=list(x,y)
> posterior <- MCMCregress(y ~ x, data=paint.data, verbose=1000)

MCMCregress iteration 1 of 11000
beta =
   0.22962
   0.44108
sigma2 =    0.57950

MCMCregress iteration 1001 of 11000
beta =
-0.81543
   0.47256
sigma2 =    0.56587

MCMCregress iteration 2001 of 11000
beta =
   0.81135
   0.41792
sigma2 =    1.16505

MCMCregress iteration 3001 of 11000
beta =
   0.29535
   0.42624
sigma2 =    1.22998

MCMCregress iteration 4001 of 11000
beta =
-1.37498
   0.49393
sigma2 =    0.96759

MCMCregress iteration 5001 of 11000
beta =
-0.65216
   0.46936
sigma2 =    0.73298

MCMCregress iteration 6001 of 11000
beta =
-0.98941
   0.47564
sigma2 =    0.69957

MCMCregress iteration 7001 of 11000
beta =
-2.44198
   0.52395
sigma2 =    0.63698

MCMCregress iteration 8001 of 11000
beta =
   0.29559
   0.43957
sigma2 =    0.67790

MCMCregress iteration 9001 of 11000
beta =
-0.24198
   0.45637
sigma2 =    0.61714

MCMCregress iteration 10001 of 11000
beta =
-0.03324
   0.44421
sigma2 =    0.39575
> plot(posterior)
> raftery.diag(posterior)

Quantile (q) = 0.025
Accuracy (r) = +/- 0.005
Probability (s) = 0.95

             Burn-in Total Lower bound Dependence
             (M)      (N)   (Nmin)       factor (I)
(Intercept) 3        4338 3746         1.160
x           3        4061 3746         1.080
sigma2      2        3680 3746         0.982

> summary(posterior)

Iterations = 1001:11000
Thinning interval = 1
Number of chains = 1
Sample size per chain = 10000

1. Empirical mean and standard deviation for each variable,
   plus standard error of the mean:

               Mean      SD Naive SE Time-series SE
(Intercept) -0.2721 1.37131 0.0137131      0.0133777
x            0.4561 0.04321 0.0004321      0.0004124
sigma2       1.0550 0.61103 0.0061103      0.0076647

2. Quantiles for each variable:

               2.5%     25%     50%    75% 97.5%
(Intercept) -2.9634 -1.1244 -0.2716 0.5672 2.5265
x            0.3679 0.4294 0.4563 0.4831 0.5411
sigma2       0.4193 0.6702 0.9021 1.2436 2.5760

>